1、办公室。负责机关日常运转工作。承担文电、会务、机要、档案、督查、重要文稿起草、安全保卫、保密、信访、政务公开、建议提案办理等工作；牵头健康扶贫工作。
2、规划发展与信息化处。组织拟订卫生健康事业发展中长期规划，统筹规划与协调优化全市医疗卫生资源配置工作；指导全市卫生健康事业发展规划的编制与实施；指导卫生健康服务体系建设；组织与指导卫生健康信息化建设；组织开展卫生健康统计工作；协调指导直属单位基本建设；承担“互联网十医疗健康”管理工作。
3、财务处（审计处）。承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理、政府采购和内部审计工作；协调各类卫生健康安排；负责市级卫生总费用核算工作；组织实施大型医用装备配置管理。
4、法规处（行政审批处）。组织起草卫生健康地方性法规、规章草案；承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉等工作；负责卫生健康行政审批工作，并限时办结；牵头营商环境工作。
5、健康促进处（市爱国卫生运动委员会办公室）。负责拟订健康宿迁建设职责分工方案、年度计划和相关制度，并协调组织实施；组织对全市各地区各部门推进健康宿迁建设工作的指导与督查、考核和评估；开展重大问题调研；组织开展卫生城镇、健康城镇的创建和考核评价工作；承担市健康宿迁建设领导小组、市爱国卫生运动委员会办公室的具体工作。
6、疾病预防控制处。拟订全市重大疾病防治规划、免疫规划、严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；完善疾病预防控制体系；防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担发布法定报告传染病疫情信息工作；组织拟订食品安全地方标准；开展食品安全风险监测、评估和交流；承担食品安全企业标准备案工作；承担市政府艾滋病防治工作委员会办公室的具体工作。
7、医政医管处（体制改革处）。监督实施医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策规范、标准；拟订医疗技术、医疗质量、医疗服务等地方性规范、标准并组织实施；指导医院药事管理、临床重点专科建设、医疗急救体系建设、医院感染控制等有关工作；承担推进护理、康复事业发展工作；监督指导全市医疗机构评审评价；拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核办法并组织实施；承担市深化医改暨市级综合医改试点工作领导小组办公室的日常工作；组织推进公立医院综合改革。
8、基层卫生健康处（老龄健康处、药物政策与基本药物制度处）。拟订基层卫生健康政策、地方标准和规范并组织实施；指导全市基层卫生健康服务体系建设和基层医疗卫生机构能力评价工作；指导家庭医生签约服务、基层基本公共卫生服务和乡村医生相关管理工作。组织拟订全市医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系；承担老年疾病防治、老年人医疗照护、老年人心理健康与关怀服务等老年健康工作。贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度；执行国家基本药物目录，拟订全市基本药物配备使用的政策措施；组织开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品监测预警；制订短缺药品供应保障政策并协调实施；健全药师继续教育制度，指导医疗机构药学服务工作；提出药品价格政策和基本药物目录内药品生产鼓励扶持政策的建议。
9、卫生应急办公室。承担突发公共卫生事件的预防控制和紧急医学救援工作；组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作；指导卫生应急体系和能力建设；发布突发公共卫生事件应急处置信息；负责重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。按照“三管三必须”要求，指导本部门、本行业安全生产综合监管工作；组织开展卫生健康系统安全检查和专项检查；参与各类安全生产事故调查工作；综合协调本部门、本行业安全生产工作等。
10、科技教育处。负责拟订卫生健康科技发展规划及相关政策；组织、指导卫生健康科技创新与成果转移转化体系建设；组织实施卫生健康科研项目、新技术评估管理和适宜技术推广；承担与人体健康相关的实验室生物安全监督工作；组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续医学教育工作；协同指导院校医学教育；组织开展卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动；承担网络舆情应对处置、新闻和信息发布等工作。
11、综合监督处。拟订全市职业卫生、放射卫生相关政策、地方标准并组织实施；开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作；承担职业病防治工作；承担公共卫生、医疗卫生等监督工作；查处医疗服务市场违法行为；组织开展职业卫生、放射卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治和健康产业等监督检查；完善综合监督体系，指导规范执法行为；推进全市卫生健康诚信体系建设。
12、妇幼健康处（人口监测与家庭发展处）。拟订全市妇幼卫生健康政策、标准和规范并组织实施；推进妇幼健康服务体系建设；指导妇幼卫生、母婴健康安全保障、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展和生育技术服务工作；规范人类辅助生殖技术和避孕药具管理。承担全市人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议；完善生育政策并组织实施；建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度。
13、中医处。参与起草中医药事业发展的地方性法规、规章草案并监督执行；拟订中医药事业中长期发展规划、计划并组织实施；负责全市中医药专项资金、基建投资的管理；参与拟订中医药医疗服务项目、价格标准、基本医疗保险等相关政策及管理办法；指导并监督中医医疗机构及其医务人员、医疗质量、医疗服务等管理政策规范、标准实施；指导综合医院、妇幼保健机构、专科医院以及基层医疗卫生机构中的中医药工作。拟订中医药科学研究、技术开发规划并组织实施；指导中医药科研条件和能力建设，促进中医药科技成果转化、应用和推广；拟订中医药人才发展规划，负责中医药师承教育、毕业后教育、继续教育和相关人才培训工作。
14、人事处。拟订全市卫生健康人才发展政策、规划并组织实施；指导全市卫生健康人才队伍建设；负责机关和直属单位的机构编制、干部人事、劳动工资等工作；会同有关部门拟订各类卫生健康专业技术人员资格标准并组织实施；组织指导卫生健康管理干部培训工作；负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作；组织指导卫生健康工作领域的对外交流与合作、对外宣传工作。
15、干部保健处。负责市委确定的保健对象的医疗保健工作，负责市级部门有关干部医疗管理工作。
16、机关党委。负责机关和直属单位的党群工作。